1- Realize um backup do sistema por segurança.   

  Gerar inventário com apenas os produtos “Com Estoque”. em Estoque => Inventário de Estoque

2 – Depois de gerado Inventário, segue em Estoque => Balanço => Contagem de Estoque, incluir uma nova Contagem importando inventário criado.

Obs: Não tem necessidade de alterar nada, pois o estoque vai continuar o mesmo, sendo assim apenas grave a contagem.

3 – Depois de cadastrado a Contagem, segue para Estoque => Balanço => Cadastro de Balanço, e inclui um novo Cadastro de Balanço, importando a Contagem anterior.

*Muito importante, marcar opção de Zerar estoque de todos os produtos, pois assim serão zerados o estoque dos produtos não presentes na Contagem, ou seja, produtos sem estoque ou negativos.

4 – Por último, na mesma tela citada acima, realize o processo para Contagem.

Após esse processo os produtos com estoque permanecerão com mesmo estoque, e os produtos com estoque negativos serão zerados.