Primeiramente você precisa identificar o "MOTIVO" dentro da tela de movimento de perda.

Em seguida, na aba Arquivo > Outros > Cadastro de Motivo, o motivo identificado no exemplo acima é alterado para identificar o tipo de operação utilizada.

Fiscal > Tabelas Fiscais > Cadastro de Operação: altere a operação correspondente ao motivo e, dentro da aba "Movimenta-Valor R$", ajuste para "Preço de Custo". Dessa forma, ao lançar os produtos na tela de movimento de perda, o sistema utilizará o preço de custo do produto.

Caso ainda haja dúvidas, segue um link com um vídeo explicando a rotina:

Z:\HELPDESK\LUANA\Perda