Quando o campo 'Valor de Desconto' é preenchido, é necessário verificar, na aba de faturamento da nota fiscal, como foi faturado o valor do boleto.

Como no exemplo abaixo, o boleto foi gerado. Contudo, o valor desses boletos não corresponde ao valor da nota. Por isso, foi gerado esse desconto:

OBS: Verificar com o cliente, se o valor dos boletos está correto.