Como funciona a rotina de devolução de compra e por que a base de cálculo do IPI é alterada ao gravar a nota?
Ao realizar uma devolução de compra utilizando o espelho da nota fiscal de entrada, o sistema importa os valores fiscais da nota de origem. Porém, caso a operação utilizada para a devolução não esteja configurada corretamente, ao gravar a nota o sistema pode recalcular a base de cálculo do IPI, alterando o valor que havia sido importado.
Neste cenário, é importante diferenciar a base de cálculo do ICMS da base de cálculo do IPI.
1. Importação dos valores da nota de compra
Ao realizar a devolução utilizando o espelho da nota de compra, o sistema traz os valores fiscais correspondentes à nota de origem.

Na tela, é possível observar que a base de cálculo do ICMS é R$ 361,55, e a base de cálculo do IPI é R$ 361,55 vindo corretamente igual está na NF-e de entrada.
2. Comportamento apresentado ao gravar a nota
O problema ocorre quando a nota é gravada e posteriormente acessada novamente.
Mesmo que os valores tenham sido importados corretamente da nota de compra, o sistema identificava a operação utilizada como uma operação que não estava configurada como Devolução.
Com isso, a rotina realizava um novo cálculo dos valores fiscais do item, podendo alterar a Base de Cálculo do IPI.
Imagem – Base de cálculo alterada:

3. Onde estava a configuração incorreta?
Foi identificado que a Operação 13 – Devolução Saída não estava configurada corretamente no Cadastro de Operações.
Para verificar:
Cadastro de Operações → aba "Nota Fiscal de Emissão"
No campo Tipo de nota fiscal, a operação não estava definida como Devolução.

4. O que muda após a configuração?
Após definir a Operação como Tipo de Nota Fiscal = Devolução, a rotina passa a identificar corretamente que se trata de uma devolução de mercadoria.
Dessa forma, ao utilizar o espelho da nota de compra, os valores fiscais importados são mantidos, evitando que a rotina faça um novo recálculo indevido das bases.
No exemplo:

Resumo da solução
Quando uma nota de devolução de compra apresentar alteração na base de cálculo do IPI após ser gravada, deve-se verificar a configuração da operação utilizada.