O Junta Sped é o programa que faz a junção dos SPEDS CONTRIBUIÇÕES de uma empresa Matriz e Filial.
O programa trabalha em conjunto com o SISCOM, então antes de tudo se deve instala-lo para aparecer a pasta de instalação chamada BRAJAN em Disco Local C:, nessa mesma que o programa vai ser instalado. Ambos programas se encontram no Core Desk. O caminho aonde fica a instalação do programa e na mesma pasta que fica seu executável, detalhe que o programa não cria um atalho na aréa de trabalho.

Nas imagens a baixo é mostrado as opções que serão usadas no programa, ARQUIVO>CADASTRO DE EMPRESAS é o local aonde é adicionado as empresas que serão importadas.

A opção ARQUIVO>IMPORTAR ARQUIVO faz o trabalho de importando os seus respectivos arquivos do SPED CONTRIBUIÇÕES, lembrando que a junção é somente do CONTRIBUIÇÕES de cada empresa. Um detallhe importante é que ao cadastrar a empresa matriz, se deve marcar o checkbox MATRIZ para destacar qual será tratada como tal. 

Depois das empresas terem sido CADASTRADAS E IMPORTADAS é a vez de ir na opção ARQUIVO>GERAR SPED CONTRIBUIÇÕES, aqui será posto o periodo respectivo e em seguida clicar no botão GERAR.

O arquivo GERADO pelo programa vai aparecer no DISCO LOCAL C:

Feito todos os procedimentos, basta agora enviar ao cliente ou para sua contabilidade somente esse arquivo gerado, nele vai conter o SPED CONTRIBUIÇÕES da MATRIZ E FILIAL unificados.