As advertências acima, são devido a divergência entre CFOP e CST:

OBS: Contudo, para corrigir elas tem que verificar com a contabilidade qual será a tributação correta que deverá ser configurada, corrigindo assim essas advertências.

Além disso, deverá ir na aba de Nota Fiscal de Compra > Opção > Recalcular Pis/Cofins que será recalculado as notas corrigindo os erros de valores de crédito no Sped.