Primeiro passo e no cadastro cliente (cliente de referência da nota), acesse a aba Dados Fiscais e marque o checkbox Contribuição Retida na Fonte.

Segundo passo no cadastro de filiais, vá para a aba SPED - Contribuições - Configurações. Essas configurações precisam estar preenchida de acordo com o regime da empresa, lembrando que todos os check box precisam esta preenchidos corretamente. 

Terceiro passo ao incluir e importar a nota de referência, na parte inferior da tela aparecerá a aba Contribuição Retida na Fonte. Configurar com as informações correspondestes da contabilidade.

Após finalizar a configuração, basta gerar o SPED.