O fim do CTe de anulação foi comunicado pelo Ajuste SINIEF Nº 31, de 23 de Setembro de 2022, assim como a NF-e de anulação.  Sabendo disso, após emitir um CTe de forma incorreta e perceber o equívoco fora do prazo de cancelamento, a anulação de valores passará a ser solicitada por meio da prestação de serviço em desacordo. 

A alteração foi prevista para entrar em vigor no dia 3 de abril de 2023. Porém, a mudança só entrou em produção em junho deste ano, por meio da  Nota Técnica 2023.001 v.1.00.

Logo, o fim do CTe de anulação é real e a emissão deste documento já caiu em desuso, sendo substituído pela manifestação da prestação de serviço em desacordo. 

E agora, o que fazer para corrigir um CTe?
É válido ressaltarmos que o CTe de substituição ainda é válido, mas só deve ser utilizado em casos onde há inconsistências no valor do frete ou quando o pagador do documento foi informado incorretamente e já extrapolou o prazo de cancelamento. 

Para estas ocasiões, o evento de prestação de serviço em desacordo deve ser gerado pelo tomador de serviço. Esta manifestação pode ser feita eletronicamente e o evento, por si só, já servirá para a anulação do CTe incorreto. 

Agora, a manifestação em desacordo servirá para emitir o CTe de substituição, se for o caso. 

Serviço de Desacordo – CT-e

Fonte:
https://simplescte.com.br/blog/e-o-fim-do-cte-de-anulacao-entenda-como-funciona-agora/

https://www.cte.fazenda.gov.br/portal/exibirArquivo.aspx?conteudo=RTN4dTPGUJQ=