Explicando a Validação

Se tpCTe=3 (Substituição) e informado toma4 sem informar indicador de alteração de tomador indAlteraToma, o CNPJ/CPF do tomador do CTe substituto deve ser igual ao informado no CTe substituído e o CTe substituído também deve ter informado o toma4 como tomador. 

Solução

Para emitir o CTe de substituição alterando o Tomador, será necessário informar a tag indAlteraToma=1. Caso contrário, obterá a rejeição. Em resumo, esta tag indica que haverá uma mudança do tomador no CTe Substituído.
Se não não desejar alterar o Tomador, deverá informar o mesmo Tomador do CTe anterior, que está sendo substituído.

Com base na solução acima, foi criado no Gestores a opção INDICADOR DE ALTERAÇÃO DO TOMADOR?, opção que ao INCLUIR um CTe, se encontra na aba FIDELIDADE para ser tiva através do checkbox.