O erro estava ocorrendo pelo fato que o Manifesto já havia sido transmitido, por isso estava dando duplicidade. Só irá conseguir encerrar se tiver a chave do MDF-E e o Protocolo que são gerados após consultar a Nota pelo sistema, para assim gerar duas Chaves de Acesso, uma delas é a correta. Pelo link https://sso.acesso.gov.br/login?client_id=logincidadao.rs.gov.br&authorization_id=1888bc9a4b5 é necessário consultar o Manifesto, é obrigatório que seja consultado com o usúario GOV do Cliente, e assim finalizando o encerramento pela Chave ou corrigindo o MDF-E pelo XML.

Obs: Utilizar o úsuario Brajan.