Erro ao transmitir MDF-e!
Mensagem: Manifesto(s) não confirmado(s):
95->539-Rejeição: Duplicidade de MDF-e, com diferença na Chave de Acesso

Motivo do erro.

Esse erro ocorre quando o MDF-e já está na Sefaz, geralmente o cliente está tentando alterar ou fazer um novo MDF-e com a mesma série e número. Muitas das vezes o cliente emite o MDF-e incorretamente e tenta alterá-lo no sistema, mudando o status e editando-o, e logo após tenta transmitir novamente. Com isso, ocorre esse erro. Solução.

Solução.

Existem duas possíveis soluções:
Primeiramente entrar com usuário gestores/brajan

1ª - Encerrar o MDF-e pela chave utilizando a rotina do sistema:

No entanto, será necessário ter a CHAVE e o PROTOCOLO, que podem ser obtidos no site da SEFAZ, no https://dfe-portal.svrs.rs.gov.br/MDFE. É importante lembrar que é necessário fazer o login com o GOV.br. É possível ocorrer o seguinte erro durante o processo:

"Erro ao transmitir MDF-e!
Mensagem: Manifesto(s) não confirmado(s):
20->611-Rejeição: Existe MDF-e não encerrado para esta placa, tipo de emitente e UF descarregamento [chMDFe Não Encerrada não fornecida por bloqueio Uso Indevido do Transmissor (Ver item 9 da NT 2017.001)]"

Caso esse erro ocorra, você pode verificar com a contabilidade o motivo do erro ou optar pela segunda solução.

2ª - Espelhar o MDFe no sistema de gestão:
Para realizar esse procedimento, é necessário ter acesso ao XML que está na SEFAZ e realizar a consulta na SEFAZ. Para obter o XML, você pode acessar o site ou verificar na pasta Gestores\MDFe, onde será possível encontrar o XML do MDFe transmitido anteriormente pelo cliente.  
Refaça o MDF-e no sistema, exatamente como está na SEFAZ. É necessário comparar o XML que está na SEFAZ com o XML validado. Para fazer essa comparação, você pode utilizar o site "Compare XML files online" (https://onlinetextcompare.com/), garantindo que esteja exatamente igual, inclusive com as letras maiúsculas/minúsculas e a ordem das notas referenciadas.