Um dos motivos pelo qual a PESQUISA pode não buscar o XML da nota e não mostrar erro no log dentro do sistema é por causa das horas não esta condizente.

Em Painel de Controle -> Relógio e Região -> Definir a hora e a data:

É necessário corrigir as informações divergentes e fechar o sistema do MD-e e abrir novamente que a consulta será realizada na próxima pesquisa e se caso passou o momento o sistema atualizará automaticamente trazendo o XML.