O erro ocorre, quando se informa controle de crédito manualmente. Sendo assim, ao gerar o Sped o própria sistema gera o crédito de PIS/COFINS com isso, duplica-se quando realiza a rotina dessa maneira. 

Para solucionar essa questão deve seguir o seguinte caminho: FISCAL > CONTROLES FISCAIS > CONTROLE DE CRÉDITOS CONTRIBUIÇÕES, além de verificar se tem mais de dois crédito do mesmo mês, pois para que corrija deve ter apenas um crédito de PIS/PASEP e um de Cofins:

OBS: Apague todos e deixe o Sped gerar a quantidade correta.